Amanat Undang-Undang No. 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional, pasal 50 (6) tentang otonomi perguruan tinggi yang kemudian memberikan ruang kepada Universitas Khairun untuk melakukan restrukturisasi organisasi di lingkungan Universitas Khairun.
Untuk mewujudkan Visi Universitas Khairun itu maka diperlukanlah suatu lembaga sebagai pelaksana dalam rangka menyelenggarakan urusan kewenangan yang telah dilimpahkan kepada lembaga tersebut. Prinsip otonomi perguruan tinggi menggunakan prinsip otonomi seluas-luasnya, nyata dan bertanggung jawab dalam arti Institusi Perguruan Tinggi diberikan kewenangan mengurus dan mengatur semua urusan penyelenggaran pendidikan baik akademik maupun non akademik yang berpotensi untuk tumbuh, dan berkembang sesuai dengan potensi dan kekhasan Universitas Khairun.
Berdasarkan OTK Universitas Khairun pada Pasal 80 bahwa Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penjaminan Mutu mempunyai tugas melaksanakan koordinasi, pelaksanaan, pemantauan, dan evaluasi kegiatan pengembangan pembelajaran dan penjaminan mutu. Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 80, Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penjaminan Mutu menyelenggarakan fungsi:
- Penyusunan rencana, program, dan anggaran Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penjaminan Mutu;
- Koordinasi dan pelaksanaan kegiatan pengembangan pembelajaran;
- Pelaksanaan pengembangan sistem penjaminan mutu akademik;
- Pelaksanaan penjaminan mutu akademik;
- Pelaksanaan fasilitasi peningkatan mutu akademik;
- Pemantauan dan evaluasi pengembangan pembelajaran dan penjaminan mutu akademik; dan
- Pelaksanaan urusan administrasi Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penjaminan Mutu